Шилісу негізгі мектебі 1989 жылы 9 жылдық орталау мектеп болып ашылды. Бірінші директоры Т.М.Рамазанов болды. 1995-1996 жылдары мектепте 10-11 сыныптар ашылып, қайта жабылды.Шилісу негізгі мектебінде директор болып төмендегі азаматтар қызмет істеді: 1.Рамазанов Т.М /1989-1994/ 2. Нусупбеков Е.Н. /1994-2003/ 3. Кертаева Л.С. /2003-2008/ 4. Нусупбеков Е.Н. /2008-2018/ 2018-2019 оқу жылынан бастап мектеп директоры қызметін Баққожаев Серік Нүсіпқожаұлы атқарады.